Podemos cambiar el icono final de cualquier programa. Para ello, como aún no se puede hacer de forma automática, podemos utilizar el programa Resource Hacker, y mediante él, abrir el programa que deseas cambiar.Desplegamos la carpeta Icon y la carpeta 1, marcamos el 0 y con botón derecho seleccionamos Replace Resource.... Ahora marcamos la opción Open file with new icon... y elegimos el icono que creamos anteriormente.
Pulsamos Replace modificando el icono, y algo muy importante guardamos la copia sobrescribiendo el fichero en el menú File / Save. Si no lo haces te dará error.
Lo probé y comprobé y te garantizo la explicación.
